土壌には多種多様な微生物が生息し、その機能も多岐にわたります。土壌の酸化や還元、生物遺体の分解、施用した肥料成分の変換、温室効果ガスの放出など、土壌の物質循環の中心にはこれら微生物の活動があります。また、植物との関係に注目すると、土壌栄養循環はもちろん、大気中から窒素を取り込むものや、根の内部に入り込み共生関係を構築するもの、逆に病害を引き起こすものなど、彼らの生態を理解することは農耕地や自然の保全に重要です。
　こうした背景のもと、私たちの研究室では、農耕地土壌を中心に微生物群集の機能や相互作用、植物との共生関係について研究を展開しています。特に、微生物の種類と存在割合はどのようにして決まるのか、すなわち群集形成機構がどのように制御されているのかに興味を持っています。
　近年、核酸（DNAやRNA）を短時間に大量に解析する技術が発達してきました。土壌や植物体内の微生物のほとんどは現在の技術では培養することが困難なものですが、これらの環境中の核酸を分析することで微生物群集を詳細に解析することが可能となりました。また、環境核酸分析は応用の幅が広く、微生物に限らず、植物群集など生態系モニタリングへの応用にも挑戦しています。

肥料や農業用資材の効果や作用機序を微生物生態学的に解析することができます。
環境DNAを用いた生物群集の解析が得意です。